Lapväärtinjoella on eteläisen Pohjanmaan jokien parissa johtava asema vedenlaadun ja kalakannan osalta. Joen sadanta-alueen runsaiden pohjavesiesiintymien ja hiekka- ja soramaaston ansiosta sekä voimalaitosten puuttumisen vuoksi Lapväärtinjoessa on runsaslajinen kalakanta, mm. oma harjuskanta ja elinvoimainen meritaimen- ja purotaimenkanta. Joessa on yhteensä kaksikymmentäviisi kalalajia.
Lapväärtinjoki saa alkunsa läntisen Suomen korkeimman kohdan, 231 metriä merenpinnan yläpuolelle kohoavan Lauhanvuoren kirkkaista lähteistä ja puroista. Lukuisat purot johtavat pääuomaan, joka Isojoen kunnassa on nimeltään Isojoki ja Kristiinankaupungin alueella Lapväärtinjoki.
Sadanta-alue käsittää 1 112 neliökilometriä ja alueesta 55 % on metsämaata, vajaat 30 % suomaata ja runsaat 12 % viljelysmaata. Kiemurtelevan 75 kilometrin virtauksen päätteeksi Lapväärtinjoki laskee mereen 20 km Kristiinankaupungista etelään.
Jokeen voi tutustua sen varrella olevilla useilla luonnonkauniilla paikoilla, esim. Lauhanvuoren kansallispuistossa, josta joki saa alkunsa. Vanhassakylässä taas on suhteellisen pitkät ja loivat koskiosuudet, joissa meritaimen kutee syksyllä. Näistä jonkin matkaa alavirtaan on Tuimalan vuolas ja luonnonkaunis koskiosuus ja Lapväärtissä Perus Fors -alue, jossa koskienvälinen Storholmen-saari keväisin peittyy valkovuokoista. Mereen laskevan joen suistoalueella voi ihailla runsasta linnustoa.
Talviaikaan maastossa samoamisesta pitäville joen avoimet koskiosuudet ovat houkuttelevia retkipaikkoja. Täällä avointen koskien äärellä voi seurata saukon jalanjälkiä tai katsella talvehtivia koskikaroja, jotka sukeltavat vesiperhostoukkia etsien höyryävään veteen.